以下のようにオプションを渡せば、stackでもプロファイリングを有効にしてビルドすることができます。

$ stack build --executable-profiling --library-profiling --ghc-options="-fprof-auto -rtsopts"

あと、実行時にも1つハマりどころがあります。ビルドしたバイナリをRTSオプションを付けて実行したい場合、

$ stack exec my-executable +RTS -p

のようにすると、+RTS以下がstack自身に渡されてしまいます。したがって、ビルドしたバイナリ自体をプロファイリングしたい場合は、

$ stack exec my-executable -- +RTS -p

のようにしなければなりません。