apacheのポート番号を12345に変えたいとします。

まずは/etc/apache2/sites-available/000-default.confの

<VirtualHost *:80>
...
</VirtualHost>

<VirtualHost *:12345>
...
</VirtualHost>

に変更します。

次に、/etc/apache2/ports.confの

Listen 80

Listen 12345

に変更。

あとはapacheを再起動すればポート番号が変更されています。

$ service apache2 restart